2002年、2004年秋，学院在相继开设农产品加工与检测专业、动物药品专业后，先后建立生化实验室、微生物实验室、检测分析实训室、畜产品加工实验室、食品工艺综合实验室、药学实验室等13个专业实验实训室，以及1个动物药房及门诊室。
2005年,学院成立生物技术研发中心，建立真菌实验室、食用菌实训室、发酵工艺实验室等，添置了原子吸收分光光度计及液相色谱仪等仪器设备。
至2008年底，建成3个实训中心。生物技术综合实训中心，由发酵工艺、产品分离、微生物、植物组培和生化药品等实训室组成。农畜产品加工实训中心，由粮油休闲食品加工、畜产品加工、果蔬贮藏加工、营养配餐与加工、发酵食品加工和食品工程原理等实训车间组成。农畜产品检测实训中心，由理化检测、微生物检测和仪器分析等实训室组成。
上述实训中心能基本满足生物技术、食品加工和生化制药等专业实验实训需要的同时，还能供教师进行科研推广和学生创业演练之用。
2009年以来，学院不断增加投入推进专业实验实训条件建设，改扩建了一批实验室。成立了江苏农林检测中心、食用菌教学工场、茶业研究所等；与有关企事业单位合作，建立校外实习和顶岗实训基地。
2015年，建成96平方米的精酿啤酒实训室。2017年，生物技术综合实训中心建成90平方米的万级无菌室和96平方米的仿真实训室。同年，基础部化学教研室合并入生物工程系，位于实验楼B一楼的化学实训室、分析实训室、试剂室、称量室等8个实验室也划归生物工程系。
2018年，农畜产品加工实训中心建成烘焙大师工作室、发酵食品加工实训室；2019年建成营养配餐实训室、体质测试实训室；2021年，将焙烤食品加工实训室改建成焙烤赛训中心。
2021年12月，为加强学校危险化学品管理，学院成立学院危险化学品存储中心，负责全院管控类危险化学品、危险废物的存储、管理和安全管理督查工作。
至2022年10月，实验实训中心共有实训室32个，固定资产总值约1224万元。